Taman akuatik berada di belakang Lawn Kawisto. Taman yang berkonsep Wisata Edukasi terdiri dari beberapa blok tumbuhan air yang berbeda-beda. Kebun Raya Purwodadi merupakan Kawasan konservasi tumbuhan secara ex-situ yang memiliki koleksi tumbuhan yang ditata berdasarkan pola klasifikasi tertentu. Untuk kolamnya ditata sedemikian rupa agar menjadi daya tarik pengunjung. Dan beberapa tanaman diberikan papan nama yang memuat keterangan jenis tumbuhan. Daya Tarik dari Taman Akuatik ini selain tumbuhan dalam air, pengunjung juga dapat berswafoto di depan taman sekitar jembatan menuju Taman Akuatik. Tumbuhan yang paling banyak adalah Bunga Seroja, Bunga Teratai, Bunga Melati, dan lain-lain. Yang lebih menarik lagi adalah tatanan taman yang mempesona yang dapat memberikan kesan alami dan indah untuk dipandang.
Saat ini Kebun Raya Purwodadi tidak semata tempat konservasi tumbuhan saya, melainkan sebagai objek Pendidikan lingkungan. Peranan ini menjadi populer karena pengunjung dapat menikmati langsung keindahan kebun raya sekaligus menambah wawasan dan pengetahuan tentang tumbuhan. Maka diperlukan perencanaan penataan koleksi tumbuhan akuatik, dan pemahaman para pengelola mengenai aplikasi fitoremediasi pada tumbuhan akuatik di Kebun Raya Purwodadi.
Tumbuhan yang berada di Taman Akuatik merupakan sekumpulan tumbuhan air tergenang, tumbuhan air mengapung, tumbuhan air merendam sempurna, tumbuhan air campuran, dan tumbuhan tepi air. Tanaman air di Kebun Raya Purwodadi mempunyai kurang lebih 16 jenis koleksi, antara lain: Sagittaria lancifolia, Oryza minuta, Thalia geniculate, Typha angustifolia, Echinodorus floribundus, Nelumbo nucifera, Monochoria hastata, Typhonodorum lindleyanum, dan lain-lain.
Berdasarkan hasil penelitian yang dilakukan, jenis-jenis tanaman air tertentu dapat digunakan sebagai media fitoremediasi yang dapat mengurangi pencemaran lingkungan. Fitoremediasi adalah metode untuk mencuci limbah menggunakan tanaman. Pencucian tersebut berupa penghancuran, inaktivasi maupun imobilisasi limbah ke bentuk yang tidak berbahaya.
