Museum Zoologicum Bogoriense atau Museum Zoologi telah berdiri sejak tahun 1894. Diawali dengan didirikannya Landbouw Zoologisch Laboratorium, yaitu suatu laboratorium kecil yang terletak di kawasan Kebun Raya Bogor yang bertugas untuk mengoleksi dan meneliti serangga pada tanaman pertanian. Seiring dengan perkembangan zaman, aspek penelitian terus berkembang ke berbagai jenis fauna lainnya seperti ikan, moluska, amfibi, reptil, burung, dan mamalia. Museum Zoologi berhasil menjadi museum fauna terbesar di Asia Tenggara dengan jumlah koleksi sebanyak 2.768.044 spesimen pada awal tahun 2018. Saat ini, ada 122 display yang memamerkan 954 jenis fauna di Indonesia. Jenis-jenis fauna yang dipamerkan ini terdiri dari 211 jenis burung, 88 jenis mamalia, 92 jenis reptil dan amfibi, 55 jenis ikan, 243 jenis moluska, 3 jenis krustasea, dan 262 jenis serangga. Museum Zoologi memiliki koleksi kerangka mamalia terbesar di dunia, yaitu paus biru yang kini menjadi ikon museum.