Museum Zoologicum Bogoriense atau Museum Zoologi telah berdiri sejak tahun 1894. Diawali dengan didirikannya Landbouw Zoologish Laboratorium, yaitu suatu laboratorium kecil yang terletak di kawasan Kebun Raya Bogor yang bertugas mengoleksi dan meneliti serangga pada tanaman pertanian. Museum Zoologi telah berhasil menjadi museum fauna terbesar di Asia Tenggara dengan jumlah total koleksi pada awal tahun 2018 mencapai 2.768.044 spesimen.

Saat ini terdapat 122 display yang memamerkan 954 jenis fauna yang ada di Indonesia. Jenis-jenis fauna yang dipamerkan ini terdiri dari 211 jenis burung, 88 jenis mamalia, 92 jenis reptil dan amfibi, 55 jenis ikan, 243 jenis moluska, 3 jenis krustasea, dan 262 jenis serangga. Museum Zoologi memiliki koleksi kerangka mamalia terbesar di dunia yaitu paus biru yang kini menjadi ikon museum.