Didirikan pada tanggal 11 April 1852 oleh Johannes Elias Teijsmann, seorang kurator Kebun Raya Bogor pada waktu itu, dengan nama Bergtuin te Tjibodas (Kebun Pegunungan Cibodas).

Pada awalnya Kebun Raya Cibodas dimaksudkan sebagai tempat aklimatisasi jenis-jenis tumbuhan asal luar negeri yang mempunyai nilai penting dan ekonomi yang tinggi, salah satunya adalah Pohon Kina (Cinchona calisaya). Kemudian berkembang menjadi bagian dari Kebun Raya Bogor dengan nama Cabang Balai Kebun Raya Cibodas.

Mulai tahun 2003 status Kebun Raya Cibodas menjadi lebih mandiri sebagai Unit Pelaksana Teknis Balai Konservasi Tumbuhan Kebun Raya Cibodas di bawah Pusat Konservasi Tumbuhan Kebun Raya Bogor dalam kedeputian Ilmu Pengetahuan Hayati Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI).

Lokasi Kebun Raya Cibodas berada di kaki Gunung Gede dan Gunung Pangrango pada ketinggian kurang lebih 1.300 – 1.425 meter di atas permukaan laut dengan luas 85 hektar. Dengan temperatur rata-rata 20,06 °C, kelembaban 80,82 % dan rata-rata curah hujan 2.950 mm per tahun, Kebun Raya Cibodas merupakan tempat yang nyaman untuk beristirahat sambil menikmati keindahan berbagai jenis tumbuhan yang berasal dari Indonesia dan negara-negara lain.