Taman ini difungsikan untuk mengkoleksikan berbagai jenis tanaman paku-pakuan. Sampai saat ini Kebun Raya Cibodas telah mengoleksi sebanyak 101 jenis paku-pakuan yang berasal dari berbagai daerah di Indonesia. Beberapa manfaat tumbuhan paku antara lain sebagai bahan pangan, tanaman hias dan kerajinan tangan. Paku-pakuan di Indonesia telah lama digunakan masyarakat sebagai bahan baku obat tradisional, sebagai contohnya adalah rambut-rambut halus pada paku kidang [Dicksonia blumei (Kunze) Moore] dan paku simpai [Cibotium barometz (L.) J. Sm.] yang dipercaya sebagai obat luka untuk menghentikan pendarahan.